目次を編集しても、目次記事が非表示の設定になっていると『本のプレビュー』や発行済みの本で表示されません（目次記事はデフォルトでは非表示になっています）。
エディタで目次記事を選択し、右上の『記事非表示』のチェックを外すと目次が表示されます。

エディタのプレビューでは目次が表示され、公開中の本やEPUBで目次が表示されない場合は最新の編集内容が反映されていない可能性があります。エディタで再度「発行」を行って表示を確認してください。